Druhá generácia Audi A4, interne označená ako Typ 8E, debutovala 10. októbra 2000. Postavená je na platforme Volkswagen Group B6 (PL46). Kombi Avant bol predstavený v júni 2001 a do európskych showroomov dorazil v septembri 2001.
Predchodca: Audi A4 (B5, 1994-2001)
Nástupca: Audi A4 (B7, Typ 8E/8H; 2004–2009)
1,6-litrový základný model pohonnej jednotky zostal nezmenený, ale väčšina ostatných benzínových/benzínových motory dostali buď zvýšenie zdvihového objemu, alebo vylepšenie výkonu. 1,8-litrový 20-ventilový motor Turbo bol k dispozícii v dvoch ďalších verziách, s výkonom 150 k (110 kW; 148 k) alebo 180 k (132 kW; 178 k), táto so štandardnou šesťstupňovou manuálnou prevodovkou. atmosférický 1,6-litrový radový štvorvalcový motor a 2,8-litrový V6 boli nahradené 2,0-litrovými a celohliníkovými 3,0-litrovými agregátmi, stále s piatimi ventilmi na valec, z ktorých najvýkonnejší mal výkon 220 k (162 kW; 217 k) a krútiaci moment 300 N⋅m (221 lb⋅ft). Motor 1.9 Turbocharged Direct Injection (TDI) bol vylepšený na 130 k (96 kW; 128 k) s technológiou Pumpe Düse (Unit Injector) (PD) a bol teraz k dispozícii s permanentným pohonom všetkých štyroch kolies quattro, zatiaľ čo 2,5 V6 Špičkový model TDI bol predstavený s výkonom 180 k (132 kW; 178 k) a štandardným quattrom. Táto generácia quattro pozostávala zo štandardného dynamického rozdelenia krútiaceho momentu medzi prednou a zadnou časťou v pomere 50:50. Systém elektronického stabilizačného programu (ESP) Bosch ESP 5.7 s protiblokovacím systémom bŕzd (ABS), brzdovým asistentom a elektronickým rozdeľovaním brzdnej sily (EBD) boli štandardom v celom rade.
V roku 2004 prišla ďalšia generácia B7. Išlo vlastne o výrazný facelift modelu B6.