Pôvodný SEAT Leon (Volkswagen Group Typ 1M), uvedený na trh v roku 1999, bol k dispozícii iba ako hatchback (sedan sa predával pod názvom Toledo). Vychádzal z platformy Volkswagen Group A4 (PQ34) a ako taký zdieľal mnoho spoločných komponentov s inými modelmi koncernu VW, ako sú Volkswagen Golf Mk4, Bora a Audi A3.
Vyrábal sa predovšetkým v závode SEAT v Martorelle. Ako prvý model SEAT v segmente C ako súčasť skupiny VW Group bol Leon Mk1 predávaný ako športovejší a lacnejší variant Golfu. Aby sa posilnil športový imidž, malo vozidlo o niečo agresívnejší vzhľad. Drahšie verzie boli vybavené relatívne výkonnejšími spaľovacími motormi spolu s pevnejším zavesením kolies, aby sa zlepšila ovládateľnosť. V interiéri bola prístrojová doska odvodená od Audi A3 prvej generácie
