Druhá generácia modelu Clio bola uvedená na trh 9. marca 1998 a predávala sa za menej ako 8 000 EUR, s výrazne zaoblenejším a cibuľovitým štýlom ako jeho predchodca.
Súčasťou radikálneho konceptu nového modelu Clio bolo mnoho komponentov vyrobených z neobvyklých materiálov, ktoré šetria hmotnosť a náklady na opravu. Predné lemy blatníkov boli vyrobené z plastu (na základe kritiky voči korózii v tejto časti predchádzajúceho modelu) a materiálom kapoty bol v niektorých verziách hliník. Pôvodne bol rad motorov podobný ako mal predchodca - benzínové motory 1,2 L, 1,4 L a 1,6 L a naftový 1,9 L.
Na začiatku roku 2000 bola predstavená športová 16V verzia vybavená novým 16-ventilovým motorom 1,6 L a nakoniec boli všetky staršie benzínové motory upgradované na výkonnejšie a ekonomickejšie 16-ventilové verzie.
K významnému faceliftu došlo v júni 2001 (2. fáza), v rámci ktorého došlo k úpravám exteriéru (viditeľnejšie hrany svetlometov). Kvalita interiéru sa zlepšila zásluhou novej palubnej dosky a stredovej konzoly vrátane dostupnosti digitálnej klimatizácie a navigácie v najvyšších modeloch. Dostupný bol aj 1,5-litrový naftový motor common rail.
V roku 2004 prešlo Clio ďalším faceliftom (3.fáza). Nástupca prišiel v roku 2005, no Clio 2.generácie bolo stále v predaji a prešlo ďalšími dvoma faceliftami - postupne v roku 2006 (4.fáza) a 2009 (5.fáza). Koniec výroby nastal až v roku 2016.
